广东医科大学东莞校区坐落在风景秀丽的东莞市松山湖区。总体规划和单位设计 由华南理工大学建筑设计研究院设计完成的。

校园占地面积1177亩，建筑面积339054平方米。其中教学实验楼52791平方米，课室楼61150平方米，图书馆26616平方米，学生宿舍104103平方米，食堂22966平方米，室外运动场37116.26平方米，绿化用地面积52.3%。总体规划和单位设计均由华南理工大学建筑设计研究院设计，总体规划强调适应地形、保护自然的规则，利用原有的水体作为校区的主要景观，利用山体的高低起伏，通过建筑组团的巧妙组合，创造丰富的空间效果。校园主干道在校内形成环路，沿地形蜿蜒起伏，连接教学区、学生生活区、文体活动区、外事接待区和后勤保障区五大功能组团。东莞校区建设于2003年3月动工，首期兴建公共教学楼、实验楼、图书馆、信息中心、行政办公楼、化学楼、解剖楼、学术交流中心、学生食堂、学生宿舍（四栋）、留学生公寓（二栋）、后勤附属楼（包括商业楼、教材楼、校医楼、电工楼）、游泳池等二十多个项目，建筑面积共222403平方米。为当年10月份新生开学提供良好的学习生活环境。此后，又于2004年以后陆续建成九栋学生宿舍和一栋学生食堂，建筑面积共91415平方米。2007年，东莞校区完成314套教职工周转房的建设。