江苏省运河中学建校于1956年，建校时的校址在原二招院内（今江南苑），是邳县第一所公立完全中学。占地三十一点五亩，房屋八十间。建筑的格局是“工”字形的，前后是学生的两排教室，中间部分是长廊，长廊中间有3、4间办公室。首任副校长周友文主持工作，副教导主任刘益新，副总务主任刘民选，教职员工30人。四个中学班（高一、初一各两个班），附设两个速成师范班，学生二百九十人。

1959年7月，学校增班，迁到现运河中学初中部校址，原徐州师专院内，经两次扩征土地，占地93.73亩，校舍140间。1959年夏，运河中学的第一届毕业生在新校区毕业。