新疆医科大学厚博学院于2003年5月6日在乌鲁木齐获准成立，2004年2月5日由国家教育部教发函〔2004〕13号文件确认，是由新疆医科大学举办的、充分依托大学优质教育资源和办学优势建设发展的独立学院。2012年12月6日，克拉玛依市委市政府与新疆医科大学共同签订了合作建设新疆医科大学厚博学院协议书。2015年9月新校区落成，学院正式搬迁至克拉玛依市。克拉玛依校区位于克拉玛依市城南新区，规划总面积1500余亩，总公司规划设计，学院建设完成后，硬件条件、基础设施将达到国内一流水平。此外，学院的临床教学和实习基地依托新疆医科大学的母体优势，基本可以满足实践教学和临床实习需求。

学院以医学类专业为主，开设临床医学、口腔医学、麻醉学、药学、医学影像技术、医学检验技术、护理学、中西医临床医学、公共事业管理、信息管理与信息系统、卫生检验与检疫等11个专业。

2017年5月，克拉玛依市委市政府与新疆医科大学就双方进一步合作办好厚博学院进行了协商，之后克拉玛依市委市政府与新疆医科大学签订了《新疆医科大学与克拉玛依市人民政府共建厚博学院备忘录》，根据备忘录精神，新疆医科大学厚博学院拟更名为“新疆医科大学克拉玛依学院”，定位为医学类院校，学生规模为5000人，远期为10000人，未来发展方向为医学类和非医学类专业并存的综合性本科院校。同时，根据克拉玛依市经济社会发展需要，新办相关专业，满足当地对各类人才的需求。