2016年10月31日7点45分，深圳蛇口邮轮中心正式开航，香港机场、香港中环的两艘高速客轮同时出港。香港旅客前往香港、澳门、珠海需提前30分钟抵达邮轮中心，前往香港机场需提前60分钟抵达办理相关手续。

深圳蛇口邮轮中心位于客运码头西侧，作为蛇口太子湾国际邮轮母港的核心组成部分，其规划占地面积4万多平方米，总建筑面积达13万平方米，是深圳地区唯一集“海陆空铁”于一体的现代化国际邮轮母港，也将成为华南地区最大的邮轮母港。

深圳蛇口邮轮中心由地下二层、地下一层、夹层一层、地上10层，共13层构成。这里建有22万GT和12万GT的邮轮泊位各一个， 2万GT客货滚装泊位一个，客运码头一座（包括125米长的突堤3座、12个800GT高速客轮泊位）。邮轮中心地下2层为交通接驳中心，提供旅游巴士和社会车辆停车场；1层为售票厅、旅客进港或入境厅；2层为旅客出港或出境厅，办理香港机场旅客值机、邮轮舱房登记等业务；3~4层为商业及餐饮用途；5~8层为办公区域；9~10楼为观光层。1~2层西侧连接邮轮登船桥；4层楼边还设有观光长廊，方便旅客欣赏海上风光、拍照留念。船首波公园，邮轮中心所有观光区域全部免费向旅客开放。