南京医科大学江宁校区位于江宁大学城东北部，背靠东山镇，东邻宁杭高速公路、高速铁路,北侧是天元路、104国道，西侧是大学城60米景观大道。附近有宁杭高速、绕越公路出口；地铁一号南延线出口(位于正大门)和江宁长途汽车站，距离南京火车南站约10公里，交通便捷。校区呈长方形，占地约1470亩。

2002年7月21日，学校在对原址反复勘察和论证的基础上与江宁大学城签订入驻协议，并拉开了江宁校区建设的序幕。校区根据在校生13000人规模设计，总建筑面积42万平方米。现已完成前两期工程建设，总建筑面积约为20万平方米。目前已入住学生近7000人，其中包括留学生近400人。由博学楼、逸夫楼、解剖楼、康达教学楼、图书馆等组成，建有28个专业实验室。三期工程江苏省医药动物实验基地、公卫药学楼和体育馆已完成主体封顶，生活区二组团留学生公寓、研究生公寓和餐厅即将于9月投入使用。紧临天元湖畔建筑面积约8万平方米的基础医学、临床教学综合楼、行政中心即将于2011年下半年开工建设。与江宁区政府共同投资约7万平方米的南医大附属方山医院一期工作也将于2011年下半年进入建设阶段，预期于2012年年底竣工，2013年上半年正式对外开业。

　　目前以本科和研究生低年级教学为主，临床医学等专业学生本科前3年在江宁校区学习和生活，自2010年9月份以来，一年级研究生教学已完全转移至江宁校区。